随着农场养鱼业的迅速发展，一些食品健康专家和环境保护人士呼吁人们关注农场养鱼带来的健康问题和环境问题。

加拿大广播公司记者Emily Chung报道说，为了降低成本并回应环境保护组织对农场养鱼业用大量小鱼作为饲料喂养三文鱼这样食肉鱼类的抨击，养鱼农场在明显增加油菜籽、大豆、玉米、坚果和谷物等农作物在鱼饲料中所占的比例。

调查显示，2000年养鱼农场鱼饲料中24%来自其他鱼类，到2008年这个比例下降到16%，预计到2020年会进一步降低到7%。

专家们认为，用植物饲料代替鱼类饲料的做法带来了新的问题。

首先是健康问题。让食肉鱼类多吃素会导致鱼肉的营养价值下降；比如三文鱼体内本来应该含有的有利于人体健康的omega-3s会明显减少。此外，农作物带来的残余农药会在鱼体内积累，结果是在鱼肉成为人的食物后影响人的健康。

养鱼农场开始用水产品加工厂的下脚料做鱼饲料 

其次是环境问题，机械化生产和运输农作物鱼饲料会留下沉重的“环境脚印”、加重地球变暖问题。

加拿大的三文鱼饲养农场们已经意识到上述问题，开始用水产品加工厂的下脚料做高蛋白鱼饲料，比如鱼头、鱼尾和鱼骨。